仪器科学与光电工程学院自1981年开始招收硕士研究生（原陕西机械学院北京研究生部），是我国首批招收培养研究生的硕士学位授权单位，研究生招生历史长，培养质量高。目前拥有“仪器科学与技术”、“光学工程”两个一级学科硕士点，“精密仪器及机械”、“测试计量技术及仪器”、“生物传感与医学仪器” 三个二级学科硕士点，拥有“仪器仪表工程”工程硕士学位授权点。与北京邮电大学、合肥工业大学、北京理工大学联合培养博士研究生，学院研究生规模已达到170人。